ډي این اې ويروس

ډي این اې هغه ويروس دی چې له ډي اوکسي ريبونوکليک اسيد (ډي این اې) نه جوړ يو جينوم لري، چې د ډي این اې پوليمير په واسطه تکرار شوی دی. دوی د هغو تر منځ وېشل کېدلی شي چې په خپل جينوم کې د ډي این اې دوه طبقې ( پوښونه) لري؛ چې دوه پوښه ډي این اې يعنې (dsDNA) ويروسونه ورته وايي او هغه چې په خپل جينوم کې د ډي این اې يو پوښ لري، يو پوښه ډي این اې يعنې (ssDNA) ويروسونه ورته وايي. دوه پوښه ډي این اې ويروسونه په بنسټيز ډول په دوو ساحو پورې تړاو لري: (Duplodnaviria) او (Varidnaviria) او يو پوښه ډي این اې ويروسونه لږ تر لږه په ټوله کې د (Monodnaviria) ساحې ته ټاکل شوي دي، چې ds ډي این اې يعنې دوه پوښه ډي این اې ويروسونه هم په کې شاملېږي. د دې تر څنګ زيات ډي این اې ويروسونه لوړې ماليې ته نه دي ټاکل شوي. هغه ويروسونه چې يو ډي این اې جينوم لري او دا جينوم د يو آر این اې يعنې ريبونوکليک اسيد وسط په واسطه د يوه معکوس نقل له مخې تکرار شوی دی، په بېل ډول د معکوس نقل په توګه په نظر کې نيول کېږی او د Riboviria په ساحه کې د Pararnavirae عالم ته مشخص شوي دي.

ډي این اې ويروسونه د نړۍ په هر ځای کې شته، په ځانګړي ډول په سمندري سيمو کې چې دوی په کې د سمندري ايکوسيستم يوه مهمه برخه جوړوي او يو هسته نه لرونکي او هسته لرونکي حيوانات دواړه په ناروغۍ اخته کوي. داسې ښکاري چې دوی څو اصليتونه لري. لکه: هغه ويروسونه چې په Monodnaviria کې دي، داسې ښکاري چې په بېلابېلو وختونو کې له archaeal او بکتريايي پلاسمايدونو plasmids نه رامنځته شوي دي، که څه هم د Duplodnaviria او Varidnaviria مبدا يا اصليت روښانه نه دی، د ډي این اې د څرګندې ناروغۍ موجب ويروسونو کې تبخال ويروسونه (herpesviruses)، (Papillmaviruses) او poxviruses ويروسونه شامل دي.

د بالتيمور ډلبندي

د بالتيمور د ډلبندۍ سيستم د آر این اې د پيغام وړونکي (mRNA) ترکيب د سلوک پر بنسټ يو له بل سره د ويروسونو د ډلې يا ګروپ کولو لپاره کارول کېږي او د ويروس د معياري ډلبندۍ يا تکسانومي تر څنګ کارول کېږي، چې د تدريجي تکامل د تاريخچې پر بنسټ ده. د ډي این اې ويروسونه د بالتيمور دوه ګروپونه يا ډلې جوړوي: لومړی ګروپ: دوه پوښه ډي این اې ويروسونه او دويم ګروپ: يو پوښه ډي این اې ويروسونه. سره له دې چې د بالتيمور ډلبندي په لنډ ډول د آر این اې د پيغام وړونکي (mRNA) د نقل پر بنسټ ده، د بالتيمور په هره ډله کې ويروسونه د خپل تکرار سلوک هم په نمونه يي ډول شريکوي. د بالتيمور په ډله کې ويروسونه په اړين ډول جنيټيکي اړيکه يا مورفولوژي نه سره شريکوي. ^[۱]

دوه پوښه ډي این اې ويروسونه

د بالتيمور د ګروپ د ډي این اې ويروسونه هغه دي، چې د ډي این اې دوه پوښه جينوم لري. د دوه پوښه ډي این اې ويروسونه په يوه درې پړاويزه مرحله کې خپل د mRNA ترکيب لري. لومړی: يو (transcription preinitiation complex) سرچينې ته د نږدې ساحې ډي این اې مقيد کېږي، چې نقل په کې پيلېږي او د يو کوربه ډي این اې پوليمير استخدام ته اجازه ورکوي. دويم: کله چې د آر این اې پوليمير استخدام شي، دا د mRNA پوښونو ترکيبولو لپاره د يوې نمونې په توګه منفي پوښ کاروي. درېيم: د آر این اې پوليمير يو مشخص زيګنال رسېدنې باندې نقل يا رونويسي له منځه وړي؛ لکه د يو polyadenylation ساحه. ^[۲]^[۳]^[۴]

دوه پوښه ډي این اې ويروسونه د خپلو جينومونو د تکرارولو په موخه بېلابېل مېکانيزمونه کاروي. دوه لوری تکرار چې د تکرار دوه د انشعاب ځايونه په کې د تکرار په يوه اصلي ځای کې رامنځته کېږي او د يو بل برعکس لورو ته حرکت کوي. له دې تکرار نه زياته ګټه اخېستل کېږي. ګرد دايروي ميکانيزم هم عام دی، چې د دايروي جينوم په شاوخوا څرخ کې د جريان پر مهال اوږده پوښونه توليدوي. ځيني دوه پوښه ډي این اې ويروسونه د پوښ د بې ځايه کېدنې مېتود کاروي چې له مخې يې يو پوښ له يو نمونه يي پوښ نه ترکيب شوی دی او وروسته بيا يو متمم پوښ پخواني ترکيب شوي پوښ نه ترکيب شوی دی، چې د يو دوه پوښه ډي این اې جينوم تشکيلوي. په پای کې ځيني دوه پوښه ډي این اې ويروسونه، د يوې پروسې د برخې په توګه تکرار شوي دي، چې تکرارېدونکي ځای پر ځای کېدنه ورته وايي او د يو کوربه حجرې په ډي این اې کې يو ويروسي جينوم په کې د کوربه جينوم يوې بلې برخې ته تکرار شوی دی. ^[۵]^[۶]^[۷]^[۸]^[۹]

دوه پوښه ډي این اې ويروسونه کولی شي، د هغو تر منځ ووېشل شي، چې په هسته کې تکرارېږي او لکه د دې غوندې په اړوند ډول د نقل او تکرار لپاره د کوربه حجرې په ماشين الاتو باندې متکي دي. هغه چې په سايتوپلازم کې په هغه حالت کې تکرارېږي، چې دوی په تدريجي ډول تکامل کړی دی يا د دوی د نقل او تکرار د اجرا خپل مفاهيم پلټل شوي دي. دوه پوښه ډي این اې ويروسونه، په عام ډول د لکۍ لرونکو دوه پوښه ډي این اې ويروسونو او د Varidnaviria د ساحې لکۍ نه لرونکو دوه پوښه ډي این اې ويروسونو تر منځ ووېشل شي. لکۍ لرونکي دوه پوښه ډي این اې ویروسونه، د Duplodnaviria د ساحې غړو ويروسونو ته راجع کېږی، چې معمولاً د Caudovirales د ارډر لکۍ لرونکي باکترياوې دي. ^[۱۰]^[۱۱]^[۱۲]

يو پوښه ډي این اې ويروسونه

د بالتيمور د ډي این اې ويروسونو دويمه ډله هغه دي، چې يو پوښه ډي این اې جينوم لري. يو پوښه ډي این اې جينوم لرونکي ويروسونه د دوه پوښه ډي این اې ويروسونو غوندې د نقل ورته سلوک يا ځانګړنه لري. که څه هم، دا چې جينوم یو پوښه دی، د يو ډي این اې پوليمير په واسطه کوربه حجرې ته د داخلېدلو په واسطه لومړی په يو دوه پوښه بڼې بدلېږي. mRNA يا د ريبونيوکليک اسيد پيغام وړونکی وروسته له دوه پوښه شوې بڼې نه ترکيب کېږي. د يو پوښه ډي این اې ويروسونو دوه پوښه شوې بڼه کېدای شي يا په مستقيم دول يوې حجرې ته له داخلېدو نه وروسته او يا د ويروسي جينوم د تکرار د يوې پایلې په توګه توليد شي. هسته لرونکي دوه پوښه ډي این اې ويروسونه په هسته کې تکرار شوي دي. ^[۱۳]^[۱۴]^[۱۵]

زياتره يوپوښه ډي این اې ويروسونه دايروي جينومونه رانغاړي، چې د تاو دايروي تکرار (RCR) په واسطه تکرار شوي دي. د تاو دايروي تکرار يو پوښه ډي این اې د يوې داخلي هستې په واسطه رامنځته شوي دي، چې له يوه مثبت پوښ سره اړيکه جوړوي او بېلوي يې. دوی په دې کار سره يو ډي این اې پوليمير ته اجازه ورکوي، چې د تکرار په موخه د يوې نمونې په توګه منفي پوښ وکاروي. تکرار د مثبت پوښ د 3’ پای د مفاهيمو په واسطه د جينوم شاوخوا په يو تاو يا څرخ کې جريان کوي، لومړنی مثبت پوښ بې ځايه کوي او داخلي هسته يو ځل بيا مثبت پوښ پرې کوي، تر څو يو ناپېيلی جينوم جوړ کړي، چې په يو دايروي څرخ يا تاو کې تړل شوی وي. نوی يو پوښه ډي این اې کېدای شي، په virions کې کڅوړه يا د يو ډي این اې پوليمير په واسطه تکرار شي، تر څو د تکرار دوران د نقل يا دوام په موخه يوه دوه پوښه بڼه تشکيل کړي. ^[۱۶]^[۱۷]

Parvoviruses اوږده يو پوښه جينومونه رانغاړي، چې د RHR (rolling hairpin replication) په واسطه تکرار شوي دي او د RCR (rolling circle replication) سره ورته دی. Parvovirus جينومونه، د هرجينوم په پای کې hairpin loops يعنې د وېښتانو سيم ته ورته تاوونه لري، چې د جينوم په دننه کې د مخکې او وروسته تللو په موخه د ډي این اې ترکيب د لوري د بدلولو په خاطر د تکرار په جريان کې په مکرر ډول څېړل کېږي او بېرته بنديږي، چې په يو جاري پړاو کې د جينوم ګڼ شمېر نقلونه ( کاپي) توليدوي. انفرادي جينومونه وروسته له دې ماليکول نه د ويروسي داخلې هستې په واسطه له منځه ځي. د Parvoviruses لپاره يا د مثبت او يا د منفي حس پوښ کېدای شي، په capsids کې کڅوړه شي، چې ويروس تر ويروسه توپير لري. ^[۱۸]^[۱۹]

نږدې ټول يو پوښه ډي این اې ويروسونه، د مثبت مفهوم يا حس جينومونه لري، مګر يو څو محدود استثنات او ځانګړي صفتونه شته. د Anelloviridae کورنۍ يوازينۍ يو پوښه ډي این اې کورنۍ ده، چې غړي يې منفي حس جينومونه لري، چې دايروي دي. Parvoviruses، لکه: څرنګه چې مخکې یاد شول، کېدای شي په virions کې د منفي يا مثبت پوښ حس کڅوړه يا بنسته بندي کړي. په پای کې bidnaviruses په مثبت او منفي اوږدو پوښونو دواړه بسته بندي يا کڅوړه کوي.^[۲۰]^[۲۱]

د ICTU (د ويروسونو د ډلبندۍ نړيواله کمېټه) ډلبندي

ICTU (International Committee on Taxonomy of Viruses) يعنې د ويروسونو د ډلبندۍ نړيواله کمېټه، د ويروس له ډلبندۍ نه بحث کوي او د ساحې ( قلمرو) په درجه کې په بنسټيزه کچه کې ويروسونه تنظيموي. د ويروس ساحې د هغه قلمرو درجې ته ځواب وايي، چې حجره لرونکي ژوند لپاره کارول کېږي، مګر له هغې نه په دې توپير لري چې په يوه ساحه يا قلمرو کې دننه ويروسونه په اړين ډول عامه شجره نه شريکوي او نه هم ساحې په خپلو کې عامه شجره سره شريکوي. په دې ډول، هر ويروس ساحه لږ تر لږه د راتلونکي موجودېدونکي ويروس يوه بېلګه وړاندې کوي. د هرې ساحې په دننه کې ويروسونه يو له بل سره د شريک شوو ځانګړنو پر بنسټ ډله شوي دي، چې د وخت په تېرېدو سره په لوړ ډول ساتل شوي دي. د ډي این اې ويروس، درې ساحې پېژندل شوې دي، چې Duplodnaviria, Monodnaviria او Varidnaviria دي.^[۲۲]

سرچينه

↑ Lostroh 2019, pp. 11–13
↑ "dsDNA templated transcription". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Rampersad 2018, p. 66
↑ Fermin 2018, pp. 36–40
↑ "dsDNA bidirectional replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ "dsDNA rolling circle replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Bernstein H, Bernstein C (5 July 1973). "Circular and branched circular concatenates as possible intermediates in bacteriophage T4 DNA replication". J Mol Biol. 77 (3): 355–361. doi:10.1016/0022-2836(73)90443-9. PMID 4580243.
↑ "DNA strand displacement replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ "Replicative transposition". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Cann 2015, pp. 122–127
↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH (18 October 2019). "Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (په انګليسي). نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH (18 October 2019). "Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (په انګليسي). نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ "ssDNA Rolling circle". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ "Rolling hairpin replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Fermin 2018, pp. 40–41
↑ "ssDNA Rolling circle". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.
↑ Rampersad 2018, pp. 61–62
↑ Rampersad 2018, pp. 61–62
↑ Kerr J, Cotmore S, Bloom ME (25 November 2005). Parvoviruses. CRC Press. pp. 171–185. ISBN 9781444114782.
↑ Fermin 2018, pp. 40–41
↑ "Bidnaviridae". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. Archived from the original on 27 June 2020. نه اخيستل شوی 24 September 2020. {{cite web}}: External link in |خونديځ تړی= (help); Unknown parameter |تاريخ الأرشيف= ignored (help); Unknown parameter |خونديځ-تړی= ignored (help); Unknown parameter |مسار الأرشيف= ignored (help)
↑ International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee (May 2020). "The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks". Nat Microbiol. 5 (5): 668–674. doi:10.1038/s41564-020-0709-x. PMC 7186216. PMID 32341570.

[lostroh112-1] Lostroh 2019, pp. 11–13

[dsdna2-2] "dsDNA templated transcription". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[rampersad662-3] Rampersad 2018, p. 66

[fermin362-4] Fermin 2018, pp. 36–40

[bidi2-5] "dsDNA bidirectional replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[dsdnarcr2-6] "dsDNA rolling circle replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[7] Bernstein H, Bernstein C (5 July 1973). "Circular and branched circular concatenates as possible intermediates in bacteriophage T4 DNA replication". J Mol Biol. 77 (3): 355–361. doi:10.1016/0022-2836(73)90443-9. PMID 4580243.

[displace2-8] "DNA strand displacement replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[reptrans2-9] "Replicative transposition". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[cann1222-10] Cann 2015, pp. 122–127

[duplo2-11] Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH (18 October 2019). "Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (په انګليسي). نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[vari2-12] Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH (18 October 2019). "Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (په انګليسي). نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[ssdna22-13] "ssDNA Rolling circle". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[hairpin22-14] "Rolling hairpin replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[fermin403-15] Fermin 2018, pp. 40–41

[ssdna3-16] "ssDNA Rolling circle". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. نه اخيستل شوی 24 September 2020.

[rampersad613-17] Rampersad 2018, pp. 61–62

[rampersad6122-18] Rampersad 2018, pp. 61–62

[19] Kerr J, Cotmore S, Bloom ME (25 November 2005). Parvoviruses. CRC Press. pp. 171–185. ISBN 9781444114782.

[fermin4022-20] Fermin 2018, pp. 40–41

[bidna2-21] "Bidnaviridae". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. Archived from the original on 27 June 2020. نه اخيستل شوی 24 September 2020. {{cite web}}: External link in |خونديځ تړی= (help); Unknown parameter |تاريخ الأرشيف= ignored (help); Unknown parameter |خونديځ-تړی= ignored (help); Unknown parameter |مسار الأرشيف= ignored (help)

[exec-22] International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee (May 2020). "The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks". Nat Microbiol. 5 (5): 668–674. doi:10.1038/s41564-020-0709-x. PMC 7186216. PMID 32341570.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]

[۷]

[۸]

[۹]

[۱۰]

[۱۱]

[۱۲]

[۱۳]

[۱۴]

[۱۵]

[۱۶]

[۱۷]

[۱۸]

[۱۹]

[۲۰]

[۲۱]

[۲۲]