یو حجروي تسلسل

یو حجروي تسلسل یا د یو حجروي تسلسل ټاکنه د بل نسل د تسلسل ټاکنې د ایډیالو یا مطلوبو ټکنالوژيو په مرسته د منفردو حجرو د تسلسل اړوند معلومات څېړي، په دې توګه حجروي توپيرونه په ډېر څرګند ډول وړاندې کوي او د مایکرو چاپېریال په برخه کې د یوې منفردې حجرې د عمل په اړه ښه پوهه په لاس راکوي. د بېلګې په توګه په سرطان کې د هرې منفردې حجرې تسلسل ټاکنه د هغو میوټېشنونو یا بدلونونو په اړه معلومات راکولای شي چې د حجرو یو کوچنی جمعیت یې لېږدوي. د منفردو حجرو په مرسته د څرګندو شویو ار.اېن.اې ګانو تسلسل ټاکنه کولای شي د بېلابېلو حجرو د چلند او ډولونو په اړه پوهه راسره شریکه کړي. په میکروبي سیستمونو کې د ورته نوعو یو جمعیت ښايي له جینیټيکي پلوه کلونل ښکاره شي، خو د ار.اېن.اې یو حجروي تسلسل ټاکنه یا ايپي‌جینيټيکي بدلونونه کولای شي د هرې حجرې بېلابېلوالی وښيي او دغه چاره ښايي له ځینو حجرو سره مرسته وکړي چې د خپل پایښت لپاره په بدلېدونکو چاپېریالونو کې سازګار شي یا تطابق وکړي.^[۱]^[۲]^[۳]

مخینه

یوه معمولي انساني حجره د ډي.اېن.اې له شاوخوا ۲x۳.۳ میلیارده بېس پایرونو او د ار.اېن.اې له شاوخوا ۶۰۰ میلیونه بېس پایرونو څخه جوړه شوې ده. د «ډي.اېن.اې» یا هم «ار.اېن.اې» د تسلسل ټاکنې لپاره د سنګر د تسلسل ټاکنې او د ایلومینا د تسلسل ټاکنې په څېر دودیزو مېتودونو په مرسته د تسلسل ټاکنې لپاره د میلیونونو حجرو له ترکیب څخه استفاده کېږي. له یوې حجرې څخه د ډي.اېن.اې او ار.اېن.اې د ژورې تسلسل ټاکنې له لارې حجروي فعالیتونه په پراخ ډول څېړلی شو. د بل نسل د تسلسل ټاکنې د معمولو ازمېښتونو په څېر د یو حجروي تسلسل ټاکنې پروتوکلونه معمولاً دغه پړاوونه رانغاړي چې د حجرې جلا کول، د نیوکلیک اسید استخراج او تکمیل، د تسلل ټاکنې لایبرري برابرول او د بیوانفورماټيکو معلوماتو تحلیل دی. د ګڼو حجرو د تسلسل ټاکنې په پرتله یو حجروي تسلسل ټاکنه ننګوونکې یا ستونزمنه ده. د یوې منفردې حجرې لږه اندازه لومړني مواد هم د تخریب، د بېلګې یا سمپل د له منځه تګ او ککړتیا لامل کېږي چې د تسلسل ټاکنې د معلوماتو پر کیفیت پام وړ اغېزې لري. پر دې سربېره د کارول شویو نیوکلیک اسیدونو پیکوګرام کچې ته په کتو سره د یو حجروي تسلسل ټاکنې د بېلګو یا سمپلونو د چمتو کولو په جریان کې د تقویت لوړې کچې ته اړتیا ده.^[۴]^[۵]

وروستیو ټکنالوژيکو پرمختګونو یو حجروي تسلسل ټاکنه پر داسې هیله بښونکې وسیله بدله کړې ده چې تمه کېږي هغو ستونزو ته به نږدې شي چې ظاهراً د لاسرسي وړ نه ښکاري. د بېلګې په توګه نامتجانسې نمونې یا سمپلونه، د نادرو حجرو ډولونه، د حجروي کورنیو اړیکې، د بدني نسجونو موسایسېزم، د نه پیوند کېدونکو میکروبونو تحلیل او د ناروغۍ تکامل ټول د یو حجروي تسلسل ټاکنې له لارې روښانېدای شي. یو حجروي مېتود د «نیچر پبلیکېشن ګروپ» له‌خوا د ۲۰۱۳ کال د مېتود په توګه وټاکل شو.^[۶]^[۷]

د جینوم (ډي.اېن.اې) تسلسل ټاکنه

د ډي.اېن.اې په یو حجروي تسلسل ټاکنه کې د جینوم جلا کول، د ټول جینوم یا پام وړ ساحې تکمیل یا تقویت، د تسلسل ټاکنې د لایبرریو جوړونه او ورپسې د بل نسل د ډي.اېن.اې د تسلسل ټاکنې عملي کول شاملېږي. د تي لرونکو په سیستمونو کې د ډي.اېن.اې تسلسل ټاکنه په پراخه کچه د طبیعي فیزیولوژۍ او ناروغیو د څېړنې لپاره کارول شوې ده. یو حجروي ریزولوشن کولای شي د سرطان په پرمختګ یا درملنیز غبرګون کې د تومور دننه د جینیټيکي موسایسېزم یا جینیټيکي نامتجانس‌والي رول څرګند کړي. د میکروبیوم په برخه کې د منفرد یوه حجروي ارګانېزم جینوم د یو وار تکمیل شوي جینوم په نامه بلل کېږي. د یو حجروي ډي.اېن.اې په تسلسل ټاکنه کې پرمختګونو له هغو پروکاریوټي نوعو څخه د جینومي معلوماتو د راټولولو امکان برابر کړی دی چې پیوند شوې نه دي او په پېچلو میکروبیومونو کې موجودې دي. که څه هم یو وار تکمیل شوی جینوم په لږ کامل‌والي سره مشخصېږي، خو وروستیو محاسباتي پرمختګونو داسې جینومونو ته لاسرسی موندلی چې تر دې کابو بشپړ دي. له مایکرو ارګانېزمونو څخه ترلاسه شوي معلومات ښايي په راتلونکې کې د پیوند لپاره ځینې پروسې رامنځته کړي. د جینوم ځینې هغه وسایل چې ښايي د یو حجروي جینوم په تسلسل ټاکنه کې وکارول شی، SPAdes، IDBA-UD، Cortex او HyDA دي.^[۸]^[۹]^[۱۰]^[۱۱]^[۱۲]

سرچينې

↑ Eberwine J, Sul JY, Bartfai T, Kim J (January 2014). "The promise of single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 25–27. doi:10.1038/nmeth.2769. PMID 24524134. S2CID 11575439.
↑ Pennisi E (April 2018). "Chronicling embryos, cell by cell, gene by gene". Science. 360 (6387): 367. Bibcode:2018Sci...360..367P. doi:10.1126/science.360.6387.367. PMID 29700246.
↑ Saliba AE, Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J (August 2014). "Single-cell RNA-seq: advances and future challenges". Nucleic Acids Research. 42 (14): 8845–8860. doi:10.1093/nar/gku555. PMC 4132710. PMID 25053837.
↑ Eberwine J, Sul JY, Bartfai T, Kim J (January 2014). "The promise of single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 25–27. doi:10.1038/nmeth.2769. PMID 24524134. S2CID 11575439.
↑ Shintaku H, Nishikii H, Marshall LA, Kotera H, Santiago JG (February 2014). "On-chip separation and analysis of RNA and DNA from single cells". Analytical Chemistry. 86 (4): 1953–1957. doi:10.1021/ac4040218. PMID 24499009.
↑ Nawy T (January 2014). "Single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 18. doi:10.1038/nmeth.2771. PMID 24524131. S2CID 5252333.
↑ "Method of the year 2013". Nature Methods. 11 (1): 1. January 2014. doi:10.1038/nmeth.2801. PMID 24524124.
↑ Gawad C, Koh W, Quake SR (March 2016). "Single-cell genome sequencing: current state of the science". Nature Reviews. Genetics. 17 (3): 175–188. doi:10.1038/nrg.2015.16. PMID 26806412. S2CID 4800650.
↑ Alneberg J, Karlsson CM, Divne AM, Bergin C, Homa F, Lindh MV, et al. (September 2018). "Genomes from uncultivated prokaryotes: a comparison of metagenome-assembled and single-amplified genomes". Microbiome. 6 (1): 173. doi:10.1186/s40168-018-0550-0. PMC 6162917. PMID 30266101.
↑ Kogawa M, Hosokawa M, Nishikawa Y, Mori K, Takeyama H (February 2018). "Obtaining high-quality draft genomes from uncultured microbes by cleaning and co-assembly of single-cell amplified genomes". Scientific Reports. 8 (1): 2059. Bibcode:2018NatSR...8.2059K. doi:10.1038/s41598-018-20384-3. PMC 5794965. PMID 29391438.
↑ "Lasken RS (October 2007). "Single-cell genomic sequencing using Multiple Displacement Amplification". Current Opinion in Microbiology. 10 (5): 510–516. doi:10.1016/j.mib.2007.08.005. PMID 17923430."
↑ Taghavi Z, Movahedi NS, Draghici S, Chitsaz H (October 2013). "Distilled single-cell genome sequencing and de novo assembly for sparse microbial communities". Bioinformatics. 29 (19): 2395–2401. arXiv:1305.0062. Bibcode:2013arXiv1305.0062T. doi:10.1093/bioinformatics/btt420. PMC 3777112. PMID 23918251.

[Eberwine-1] Eberwine J, Sul JY, Bartfai T, Kim J (January 2014). "The promise of single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 25–27. doi:10.1038/nmeth.2769. PMID 24524134. S2CID 11575439.

[ReferenceA-2] Pennisi E (April 2018). "Chronicling embryos, cell by cell, gene by gene". Science. 360 (6387): 367. Bibcode:2018Sci...360..367P. doi:10.1126/science.360.6387.367. PMID 29700246.

[3] Saliba AE, Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J (August 2014). "Single-cell RNA-seq: advances and future challenges". Nucleic Acids Research. 42 (14): 8845–8860. doi:10.1093/nar/gku555. PMC 4132710. PMID 25053837.

[Eberwine2-4] Eberwine J, Sul JY, Bartfai T, Kim J (January 2014). "The promise of single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 25–27. doi:10.1038/nmeth.2769. PMID 24524134. S2CID 11575439.

[5] Shintaku H, Nishikii H, Marshall LA, Kotera H, Santiago JG (February 2014). "On-chip separation and analysis of RNA and DNA from single cells". Analytical Chemistry. 86 (4): 1953–1957. doi:10.1021/ac4040218. PMID 24499009.

[6] Nawy T (January 2014). "Single-cell sequencing". Nature Methods. 11 (1): 18. doi:10.1038/nmeth.2771. PMID 24524131. S2CID 5252333.

[7] "Method of the year 2013". Nature Methods. 11 (1): 1. January 2014. doi:10.1038/nmeth.2801. PMID 24524124.

[:2-8] Gawad C, Koh W, Quake SR (March 2016). "Single-cell genome sequencing: current state of the science". Nature Reviews. Genetics. 17 (3): 175–188. doi:10.1038/nrg.2015.16. PMID 26806412. S2CID 4800650.

[9] Alneberg J, Karlsson CM, Divne AM, Bergin C, Homa F, Lindh MV, et al. (September 2018). "Genomes from uncultivated prokaryotes: a comparison of metagenome-assembled and single-amplified genomes". Microbiome. 6 (1): 173. doi:10.1186/s40168-018-0550-0. PMC 6162917. PMID 30266101.

[10] Kogawa M, Hosokawa M, Nishikawa Y, Mori K, Takeyama H (February 2018). "Obtaining high-quality draft genomes from uncultured microbes by cleaning and co-assembly of single-cell amplified genomes". Scientific Reports. 8 (1): 2059. Bibcode:2018NatSR...8.2059K. doi:10.1038/s41598-018-20384-3. PMC 5794965. PMID 29391438.

[Lasken-11] "Lasken RS (October 2007). "Single-cell genomic sequencing using Multiple Displacement Amplification". Current Opinion in Microbiology. 10 (5): 510–516. doi:10.1016/j.mib.2007.08.005. PMID 17923430."

[12] Taghavi Z, Movahedi NS, Draghici S, Chitsaz H (October 2013). "Distilled single-cell genome sequencing and de novo assembly for sparse microbial communities". Bioinformatics. 29 (19): 2395–2401. arXiv:1305.0062. Bibcode:2013arXiv1305.0062T. doi:10.1093/bioinformatics/btt420. PMC 3777112. PMID 23918251.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]

[۷]

[۸]

[۹]

[۱۰]

[۱۱]

[۱۲]